空管领航学院
位于西安市东郊， 2012年由空军航空管制系和西安飞行学院地面指挥引导系合并组建。主要培养在航空管制和地面领航领域，从事程序管制、规划管理、飞行指挥的复合型工程技术军官，分航空管制指挥和地面领航两个培养方向，是全军唯一培养航空管制、地面领航、空管装备与信息人才的教学单位。教研设施完备，建有国内一流的22类专业实验室群。
装备管理与安全工程学院
位于西安市东郊大学中心校区，2012年在空军工程大学工程学院航空装备管理工程系的基础上创建。学院主要承担为空军培养从事航空机务质量控制、安全监察、维修计划管理等方向的复合型工程技术军官培训任务。现已建立起了涵盖工学、管理学、军事学三大学科门类的学科专业体系，“系统工程”学科为军队重点学科，在装备信息管理、装备管理科学与工程、装备安全科学与工程领域的研究处于军内领先地位。
理学院
位于西安市东郊大学中心校区，于2002年6月开始筹备，同年10月承担培训任务，2004年7月正式组建。主要承担全校本科生一、二年级军政基础和科学文化基础阶段教学，以及外国语言文学专业本科教学，同时承担军事学、工学、法学、理学和文学类研究生培训任务。学院教学设施先进，全部实行多媒体教学；拥有大学物理、电子技术、理论力学、材料力学、化学、语音室和计算中心等30多个基础实验室，教学条件和实验仪器设备处于全军院校先进水平。
