航空航天工程学院
位于西安市东郊，前身是空军工程学院，创建于1959年，1999年成为大学内设学院，2012年更名为空军工程大学航空航天工程学院。学院占地面积1000余亩，总建筑面积25万平方米。主要任务是培养本科、硕士和博士三个层次的航空工程、机场工程和无人机运用工程领域高层次人才，并承担空军新机改装训练和高科技知识培训等任职教育任务。建有学术报告厅、电教中心、网管中心和飞机实习中心等先进的教学设施；现代化的航空综合实验楼、航空兵器实验楼、航空电子实验楼、飞机推进系统实验区、土木工程实验区构成了航空工程实验室体系和机场建筑工程实验群。在军事航空装备全系统、全寿命综合技术保障，新装备、军用机场建筑等领域的研究处于国内领先地位。
防空反导学院
位于西安市东郊大学中心校区，前身是空军导弹学院，创建于1958年，1999年成为大学内设学院，2012年更名为更名为空军工程大学防空反导学院。学院主要为地空导弹部队和科研院所培养高级工程技术人才和初中级指挥军官，并承担地空导弹部队新装备接改装培训和短期集训考核任务。拥有各类实验室60多个，“军事运筹学”学科为国家和军队重点学科，“ 电磁场与微波技术”学科为军队重点学科，“防空导弹微波应用实验室”、“空军地面防空作战实验室”为军队重点实验室。在军事运筹学、电磁场与微波技术、防空战略等领域的研究处于国内领先地位。
信息与导航学院
位于西安市西郊，前身是空军电讯工程学院，创建于1957年，1999年成为大学内设学院，2012年更名为空军工程大学信息与导航学院。学院距中心校区17公里，距市中心钟楼3.5公里，占地面积645亩。主要任务是为空军培养通信、导航、指挥自动化、信息对抗等领域的工程技术人才和初级指挥军官，同时还担负着外国留学生培训任务。拥有各类实验室80多个，“ 通信与信息系统”学科为军队重点学科，“军用导航实验室”为军队重点实验室。在军用导航工程、空天信息网络、指挥信息系统、信息攻防等领域的研究处于国内领先地位。
