倾心向党革命新生
抗日战争爆发后，由于蒋介石消极抗战，战火很快烧到大江南北、江淮大地。1937年秋，吕惠生由南昌至安庆，准备回故乡探亲。由于轮船过于拥挤，吕惠生没能登船。不料，这艘满载乘客的轮船在长江航行时，被日机炸沉，伤亡极为惨重。日军的残暴行径激起吕惠生的冲天怒火，他说：“当国家、民族空前困难时，我能不尽心竭力担负起我人民一分子的历史使命吗？”自此，在中国共产党的影响下，他满怀热忱地投身抗日事业，很快成为知名的爱国人士。
回到无为后，听闻共产党员张恺帆等正在当地开展抗日活动，吕惠生马上登门拜访。他表明对时局的看法，怒斥国民党当局腐败堕落、专权误国的种种恶劣行径，张恺帆深有同感，两人自此成为志同道合的挚友。不久，根据张恺帆等人的建议，吕惠生担任了国民党县总队政训处主任。他利用合法身份，积极开展改造抗日动委会及其所属武装的工作。
1938年9月，共产党推荐进步人士胡竺冰任无为县长，吕惠生担任其秘书。吕惠生安排胡德荣、何际堂、周心抚、任惠群、刘方鼎等10多位共产党员和进步人士参加县政府各个部门的工作，同时建立以共产党员张学文为司令的无为县抗日人民自卫军。胡竺冰任职仅仅20多天，就被国民党安徽省政府以“擅起兵端”为由撤职，吕惠生只得参加省动委会的工作。
同年11月底，张云逸从皖南新四军军部北渡长江到达皖中指导抗日，组建江北游击纵队。在无为活动期间，张云逸特意拜访了吕惠生，商议抗日大计。吕惠生为新四军和共产党人的抗日决心所打动，决心同共产党新四军并肩战斗。他利用自己在当地的影响，为新四军游击纵队筹集资金，购买枪支、弹药和给养。
吕惠生的行动，引起了国民党反动政府的极度忌恨，他的名字被当局列入要加害的“黑名单”。严酷的现实，使吕惠生终于认识到，抗击日军捍卫民族利益只有依靠共产党、新四军。于是，吕惠生夫妇带着晓晴、其明等四个子女，赶到游击纵队所在地严家桥。他送长女吕晓晴、长子吕其明参加新四军淮南抗敌剧团，后又送年仅8岁的三子吕道立参加了新四军七师的大江剧团。吕惠生在日记中写道：“我之全家，已委托全部生命于革命，革命进则我全家存；革命败则我全家亡。此已是明显不易之铁的事实，我何他虑？”
创建根据地修堤惠万民
皖南事变爆发后，新四军七师成立，开辟以无为为中心的皖中抗日根据地，建立抗日民主政权，吕惠生调回无为县担任抗日民主政府县长。在去无为上任前，陈毅在盐城新四军军部接见了吕惠生，还送给他一把德国造的小手枪。
1942年秋，吕惠生升任皖中行署主任。就在这年年底，经张恺帆、周新武、陆学斌三位同志介绍，吕惠生加入了中国共产党。他在经历了人生曲折、艰难摸索之后，终于从一个三民主义的崇拜者转变为一个共产主义者。
1943年，是皖中根据地反扫荡、反摩擦斗争极为艰苦的一年，但即便在如此艰难条件下，吕惠生仍然把兴修水利、发展农业生产当作要务来抓。他指导修建了无为境内的三大水闸，使十万亩良田得到灌溉。
黄丝滩江堤位于无为东乡的长江北岸，素有“一线单堤，七邑生命”之称，由于历代统治者只知盘剥百姓，疏于维护，造成多次决口，给人民生命财产造成极大损失。1943年10月，吕惠生主持召开皖中各县水利代表会议，决定兴修黄丝滩江堤。吕惠生、张恺帆多次冒着风险，进行现场勘察，并提出了“少压农田、避开险段、拉直全线、重建新堤”的施工原则。在江堤修建过程中，吕惠生亲临工地巡视，了解工程进度，检查建设质量，还与民工们一起铲土、挑土、打夯，为江堤建成付出了心血和汗水。修建期间，日伪军不断进行骚扰。新四军七师提出“武装保卫修堤”的口号，不仅派出大批指战员参加建设，还多次打退了日伪军的骚扰和破坏，确保了工程进度。经过一个冬季的苦战，江堤终于建成，从此，无为、巢县、和县、庐江等7县200余万人民的生命财产有了保障，使300万亩良田免遭水患威胁。
为了表彰吕惠生为兴建大堤所作出的巨大贡献，皖中区党和人民将新堤命名为“惠生堤”，给吕惠生以极为崇高的荣誉。
